제79조의3(행정중심복합도시ㆍ혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례)

①법 제85조의2제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 행정중심복합도시등 밖"이란 「신행정수도 후속대책을 위한 연기ㆍ공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」 제2조에 따른 행정중심복합도시 예정지역 또는 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」에 따른 혁신도시 개발예정지구(이하 이 조, 제79조의8 및 제79조의10에서 "행정중심복합도시등"이라 한다) 밖으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 지역(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)을 말한다. <개정 2008.2.22, 2010.2.18, 2018.2.27>

1. 수도권과밀억제권역

2. 부산광역시(기장군을 제외한다)ㆍ대구광역시(달성군을 제외한다)ㆍ광주광역시ㆍ대전광역시 및 울산광역시의 관할구역. 다만, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지를 제외한다.

②법 제85조의2제1항제1호 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 제1호의 금액에 제2호 및 제3호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2008.2.22, 2010.2.18, 2019.2.12>

1. 행정중심복합도시등에 소재하는 공장(이하 이 조에서 "기존공장"이라 한다)의 양도가액에서 장부가액과 직전 사업연도종료일 현재 「법인세법」 제13조제1항제1호에 따른 이월결손금의 합계액을 차감한 금액

2. 기존공장의 양도가액 중 지방에 소재하는 공장(이하 이 조에서 "지방공장"이라 한다)의 취득(지방에서 공장을 준공하여 취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

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③법 제85조의2제1항제2호에 따른 과세이연을 적용받는 금액은 제1호의 금액에 제2호 및 제3호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 「소득세법」 제95조제1항에 따른 양도차익

2. 기존공장 양도가액 중 지방공장의 취득가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

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④제2항 및 제3항을 적용하는 경우 기존공장의 양도일이 속하는 과세연도종료일까지 지방공장을 취득하지 아니한 경우 지방공장의 취득가액 및 면적은 이전(예정)명세서상의 예정가액 및 취득예정면적에 따른다.

⑤법 제85조의2제1항이 적용되는 지방이전은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 기존공장 또는 지방공장의 대지가 재정경제부령으로 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 대해서는 법 제85조의2제1항을 적용하지 아니한다. <개정 2008.2.29, 2010.2.18, 2025.12.30>

1. 지방공장을 취득하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존 공장을 양도하는 경우

2. 기존공장을 양도한 날부터 3년(공사의 허가 또는 인가의 지연 등 재정경제부령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 6년) 이내에 지방공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우

⑥법 제85조의2제2항 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다. <개정 2010.2.18>

1. 법 제85조의2제1항제1호에 따라 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액 전액

2. 법 제85조의2제1항제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 과세이연금액에 상당하는 세액(과세이연금액에 「소득세법」 제104조에 따른 세율을 곱하여 계산한 세액을 말한다) 전액

⑦법 제85조의2제1항을 적용하는 경우 제4항에 따른 취득예정가액 및 취득예정면적에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 과세이연을 받은 때에는 실제 취득가액 및 취득면적을 기준으로 제2항 및 제3항에 따라 계산한 금액을 초과하여 적용받은 금액을 지방공장을 취득하여 사업을 개시한 날이 속하는 과세연도의 소득금액의 계산의 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대하여는 법 제33조제3항 후단을 준용한다.

⑧법 제85조의2제1항제1호를 적용받으려는 내국법인은 기존공장의 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 양도차익명세 및 분할익금산입조정명세서와 이전(예정)명세서를 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2025.12.30>

⑨법 제85조의2제1항제2호에 따라 과세이연을 적용받으려는 거주자는 기존공장의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 과세이연신청서와 이전(예정)명세서를 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2025.12.30>

⑩제4항을 적용받은 후 지방공장을 취득하여 사업을 개시한 때에는 그 사업개시일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 이전완료보고서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2025.12.30>

⑪ 법 제85조의2에서 "공장"이란 제54조제1항의 공장을 말한다. <신설 2008.2.22>

⑫ 법 제85조의2제4항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 과세이연받은 세액"이란 제6항제2호에 따른 과세이연금액에 상당하는 세액 전액을 말한다. <신설 2017.2.7>