제35조의4(지주회사의 설립 등에 대한 거주자 주주의 과세특례)

① 내국법인의 주주인 거주자가 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 "주식과세이연금액"이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 않되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 처분(현물출자등으로 취득한 주식 외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 본다)에 대해서는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. <개정 2025.2.28>

② 법 제38조의2제4항에 따른 양도소득세 과세의 이연에 관하여는 제1항을 준용한다. 이 경우 과세의 이연을 받는 금액은 제1항에 따라 과세의 이연을 받은 금액과 그 과세의 이연을 받은 중간지주회사의 주식을 해당 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환함으로써 발생한 양도차익의 합계액으로 하고, 그 중간지주회사의 주식과 교환함으로써 취득한 금융지주회사의 주식을 양도하는 때에 양도소득세를 과세한다.

③ 지주회사 또는 전환지주회사는 제1항에 따라 자회사의 주주인 거주자의 현물출자등에 따른 주식과세이연금액에 대하여 양도소득세를 과세하지 않은 경우 현물출자등으로 취득한 자회사의 주식을 자회사의 주주인 거주자의 취득가액으로 취득한 것으로 한다.

④ 법 제38조의2제1항, 제2항 및 제4항을 적용받으려는 거주자는 해당 현물출자등을 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 지주회사 또는 전환지주회사와 함께 재정경제부령으로 정하는 현물출자등 과세특례신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다. <개정 2025.12.30>

⑤ 제3항에 따라 자회사의 주식을 장부가액으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사는 현물출자등을 받은 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 재정경제부령으로 정하는 자회사 주식의 장부가액 계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다. <개정 2025.12.30>