제100조의16(동업기업과세특례의 적용 및 포기신청)

① 동업기업과세특례를 적용받으려는 기업은 동업기업과세특례를 적용받으려는 최초의 과세연도의 개시일 이전(기업을 설립하는 경우로서 기업의 설립일이 속하는 과세연도부터 적용받으려는 경우에는 그 과세연도의 개시일부터 1개월 이내)에 동업자 전원의 동의서(외국단체의 경우에는 제100조의15제2항 각 호에 해당하는 사항을 입증할 수 있는 서류를 포함한다)와 함께 재정경제부령으로 정하는 동업기업과세특례 적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2010.12.30, 2013.2.15, 2025.12.30>

② 동업기업과세특례를 적용받고 있는 동업기업이 동업기업과세특례의 적용을 포기하려면 동업기업과세특례를 적용받지 아니하려는 최초의 과세연도의 개시일 이전에 동업자 전원의 동의서와 함께 재정경제부령으로 정하는 동업기업과세특례 포기신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2010.12.30, 2025.12.30>

③ 법 제100조의16제3항에 따른 준청산소득에 대한 법인세의 과세표준(이하 이 조에서 "준청산소득금액"이라 한다)은 해당 내국법인이 동업기업과세특례를 적용받는 최초 사업연도의 직전 사업연도의 종료일(이하 이 조에서 "준청산일"이라 한다) 현재의 잔여재산의 가액에서 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다. <신설 2009.2.4>

④ 제3항에 따른 "잔여재산의 가액"은 자산총액에서 부채총액을 공제한 금액으로 한다. 이 경우 자산총액 및 부채총액은 장부가액으로 계산한다. <신설 2009.2.4>

⑤ 제3항에 따른 "자기자본의 총액"은 자본금 또는 출자금과 잉여금의 합계액으로 하되, 준청산일 이후 「국세기본법」에 따라 환급되는 법인세액이 있는 경우 이에 상당하는 금액은 준청산일 현재의 자기자본의 총액에 가산하고, 준청산일 현재의 「법인세법 시행령」 제18조제1항에 따른 이월결손금의 잔액은 준청산일 현재의 자기자본의 총액에서 그에 상당하는 금액과 상계한다. 다만, 상계하는 이월결손금의 금액은 자기자본의 총액 중 잉여금의 금액을 초과하지 못하며, 초과하는 이월결손금은 없는 것으로 본다. <개정 2019.2.12>

⑥ 준청산소득금액을 계산할 때 제3항부터 제5항까지에 규정하는 것을 제외하고는 「법인세법」 제14조부터 제54조까지를 준용한다. <신설 2009.2.4>

⑦ 법 제100조의16제4항에 따라 신고하는 경우에는 재정경제부령으로 정하는 준청산소득에 대한 법인세과세표준 및 세액신고서에 재정경제부령으로 정하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <신설 2009.2.4, 2025.12.30>