조세특례제한법 시행규칙

제46조(조세회피 우려 사유 등)

① 영 제100조의17제2항에서 "재정경제부령으로 정한 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 직전 과세연도의 손익배분비율과 해당 과세연도의 손익배분비율을 달리 적용하는 경우를 말한다. <개정 2026.1.2>

1. 해당 동업기업 내 어느 하나의 동업자군의 동업자군별 동업기업 소득금액 및 결손금의 합계가 직전 과세연도에는 영(零)보다 크고 해당 과세연도에는 영보다 적은 경우

2. 해당 동업기업 내 어느 하나의 동업자군의 동업자군별 동업기업 소득금액 및 결손금의 합계가 직전 과세연도에는 영보다 적고 해당 과세연도에는 영보다 큰 경우

② 제1항은 제1항의 사유가 발생한 동업자군에 속하는 동업자에 한하여 적용하며, 해당 과세연도중 동업자가 가입하거나 탈퇴하여 변경된 경우에는 변경되지 아니한 동업자에 한하여 적용한다.

제46조의2(동업기업 소득계산 및 배분명세 신고 시 첨부서류)

① 영 제100조의24제1호에서 "재정경제부령으로 정하는 재무상태표와 손익계산서"란 「법인세법 시행규칙」 제82조제1항제3호의2에 따른 표준재무상태표 및 같은 항 제3호의3에 따른 표준손익계산서를 말한다. <신설 2025.11.28, 2026.1.2>

② 영 제100조의24제3호에서 "재정경제부령으로 정하는 서류"란 다음 각 호의 서류를 말한다. <개정 2025.11.28, 2026.1.2, 2026.3.20>

1. 다음 각 목의 구분에 따른 서류

가. 거주자군 및 「소득세법」 제121조제2항 또는 제5항에 따른 비거주자로 구성된 비거주자군: 다음의 서류 중 해당 거주자군 또는 비거주자군과 관련된 서류

1) 「소득세법 시행규칙」 별지 제40호서식(1)의 이자소득명세서, 배당소득명세서, 부동산임대소득ㆍ사업소득명세서, 근로소득ㆍ연금소득ㆍ기타소득명세서

2) 「소득세법 시행규칙」 제65조제2항제1호가목ㆍ나목ㆍ라목의 서류

3) 「소득세법 시행규칙」 제102조의 조정계산서 및 관련 서류

4) 「소득세법 시행규칙」 별지 제45호서식의 기부금명세서

5) 「소득세법 시행규칙」 별지 제63호서식의 업무용승용차 관련 비용 등 명세서

6) 「국제조세조정에 관한 법률 시행규칙」 제56조제1항 각 호 및 같은 조 제2항ㆍ제3항의 서류

나. 내국법인군 및 「법인세법」 제97조제1항에 따른 외국법인으로 구성된 외국법인군: 다음의 서류 중 해당 내국법인군 또는 외국법인군과 관련된 서류

1) 「법인세법 시행규칙」 제82조제1항제4호부터 제56호까지 및 제60호의 서류

2) 「조세특례제한법 시행규칙」 제61조제1항 각 호의 서류

3) 「국제조세조정에 관한 법률 시행규칙」 제56조제1항 각 호 및 같은 조 제2항ㆍ제3항의 서류

다. 「소득세법」 제156조제1항에 따른 비거주자로 구성된 비거주자군 및 「법인세법」 제98조제1항에 따른 외국법인으로 구성된 외국법인군: 다음의 서류 중 해당 비거주자군 또는 외국법인군과 관련된 서류

1) 「소득세법 시행규칙」 별지 제23호서식(1)의 이자ㆍ배당소득 지급명세서

2) 「소득세법 시행규칙」 별지 제23호서식(5)의 비거주자의 사업소득ㆍ기타소득 등 지급명세서

3) 「소득세법 시행규칙」 별지 제24호서식(7)의 유가증권양도소득 지급명세서

4) 「소득세법 시행규칙」 별지 제24호서식(8)의 양도소득 지급명세서

2. 배분한도 초과결손금계산서

3. 수동적동업자 이월결손금계산서

4. 동업기업 세액배분명세서

제46조의3(해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례)

①영 제104조의7제1항 각 호 외의 부분에서 "재정경제부령으로 정하는 공동운항"이란 2개 이상의 해운기업이 각 1척 이상의 선박을 투입하여 공동배선계획에 따라 운항하면서 다른 해운기업이 투입한 선박에 대하여도 상호 일정한 선복을 사용할 수 있도록 계약된 운항형태를 말한다. <개정 2008.4.29, 2019.3.20, 2026.1.2>

②영 제104조의7제1항 각호외의 부분에서 "재정경제부령으로 정하는 기준선박"이란 「국제선박등록법」 제4조의 규정에 의하여 등록한 국제선박으로서 다음 각호에 해당하는 선박을 말한다. <개정 2006.4.17, 2008.4.29, 2010.4.20, 2026.1.2>

1. 해당 기업이 소유한 선박

2. 해당 기업 명의의 국적취득조건부 나용선(裸傭船)

3. 해당 기업이 「여신전문금융업법」 제3조제2항에 따라 시설대여업 등록을 한 자로부터 소유권 이전 연불조건부로 리스한 선박

③영 제104조의7제1항의 규정에 의한 연간운항순톤수는 과세표준계산특례 적용신청기한이 속하는 사업연도(영 제104조의7제6항에 따라 해운기업의 법인세 과세표준계산특례 요건명세서를 제출하는 경우에는 당해 요건명세서의 제출기한이 속하는 사업연도)의 직전 사업연도 종료일을 기준으로 산출한다. <개정 2008.4.29, 2009.4.7>

④영 제104조의7제2항제2호 나목에서 "외항해상운송활동을 위하여 필요한 시설의 임대차와 관련된 활동으로서 재정경제부령이 정하는 활동"이라 함은 외항해상운송활동을 위하여 필요한 컨테이너의 임대차와 관련된 활동을 말한다. <개정 2008.4.29, 2026.1.2>

⑤영 제104조의7제2항제2호 바목에서 "재정경제부령이 정하는 복합운송활동"이라 함은 선박과 항공기ㆍ철도차량 또는 자동차 등 2가지 이상의 운송수단을 이용하는 운송활동을 말한다. <개정 2008.4.29, 2026.1.2>

⑥ 영 제104조의7제2항제2호사목에서 "재정경제부령이 정하는 활동"이란 외항해상운송활동을 위하여 필요한 컨테이너의 매각과 관련된 활동을 말한다. <신설 2017.3.17, 2026.1.2>

⑦ 영 제104조의7제8항제4호 각 목 외의 부분 단서에서 "「법인세법」 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서 등 재정경제부령으로 정하는 서류"란 특례적용기간에 관하여 작성한 「법인세법」 제60조제2항 각 호의 서류를 말한다. <신설 2009.8.28, 2017.3.17, 2026.1.2>

⑧영 제104조의7제9항에서 "재정경제부령으로 정하는 방법"이란 「법인세법 시행규칙」 제76조제6항을 준용하여 계산하는 방법을 말한다. <개정 2007.11.23, 2008.4.29, 2009.4.7, 2009.8.28, 2017.3.17, 2026.1.2>

제46조의4(대학재정건전화를 위한 과세특례 대상 집합투자증권의 범위) 영 제104조의16제5항제4호에서 "재정경제부령으로 정하는 증권"이란 「소득세법 시행령」 제26조의2제1항에 따른 집합투자기구가 발행한 증권으로서 다음 각 호의 집합투자증권을 제외한 증권을 말한다

1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제19항에 따른 사모집합투자기구가 발행한 집합투자증권

2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제279조제1항에 따른 외국 집합투자증권

제46조의5(학교에 기부하는 연구 및 인력개발을 위한 시설의 범위)

① 영 제104조의17제2항에서 "연구ㆍ시험용시설로서 재정경제부령으로 정하는 것"이란 연구ㆍ시험용시설로서 제13조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 다만, 대상시설이 중고품이거나 기부 이후 운휴 중에 있는 것은 제외한다. <개정 2016.3.14, 2019.3.20, 2026.1.2>

② 영 제104조의17제2항에서 "직업훈련용시설로서 재정경제부령으로 정하는 것"이란 직업훈련용시설로서 제13조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 다만, 대상시설이 중고품이거나 기부 이후 운휴 중에 있는 것은 제외한다. <개정 2016.3.14, 2019.3.20, 2026.1.2>