제43조의2(벤처기업 주식교환 등에 대한 과세특례)

①법 제46조의2제1항제1호에서 "전략적 제휴계획"이라 함은 벤처기업의 생산성향상 및 경쟁력강화 등을 목적으로 벤처기업과 다른 법인(이하 이 조에서 "제휴법인"이라 한다)간의 계약에 의하여 제휴법인의 주주와 벤처기업간에 주식교환 또는 주식현물출자(이하 이 조에서 "주식교환등"이라 한다)를 통하여 벤처기업과 제휴법인간의 협력관계를 형성하고자 하는 계획을 말한다.

②제1항의 규정에 의한 계약은 다음 각호의 요건을 갖추어야 한다.

1. 벤처기업과 제휴법인이 계약당사자가 될 것

2. 제휴대상 사업내용이 실현가능하고 구체적일 것

3. 제휴사업에서 발생하는 손익의 분배방법을 정할 것

4. 기술ㆍ정보ㆍ시설ㆍ인력 및 자본 등의 협력에 관한 사항을 포함하고 있을 것

③법 제46조의2제1항 각호외의 부분에서 "당해 법인의 발행주식 총수의 100분의 10 이상을 보유한 주주"라 함은 당해 법인의 의결권있는 발행주식 총수의 100분의 10 이상을 보유한 주주를 말한다.

④법 제46조의2제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항 및 제2항에 해당하는 관계인 사람을 말하고, "대통령령으로 정하는 특수관계"란 「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항 및 제2항에 해당하는 관계를 말한다. <개정 2005.2.19, 2010.2.18, 2012.2.2>

⑤법 제46조의2제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 최대주주"란 주주 1인과 제4항에서 규정하는 자가 보유하는 주식의 합계가 가장 많은 경우의 당해 주주 1인을 말한다. <개정 2010.2.18>

⑥법 제46조의2제1항에 따라 제휴법인의 주주가 벤처기업과 주식교환등을 함에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 "주식과세이연금액"이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 주식교환등으로 인하여 취득한 벤처기업의 주식을 양도(주식교환등외의 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식교환등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)한 때에는 주식교환등으로 취득한 주식의 취득가액에서 제7항의 규정에 의하여 계산한 과세이연금액을 차감한 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. <개정 2022.2.15, 2024.12.31>

⑦제6항의 규정에 의하여 취득가액에서 차감하는 과세이연금액은 주식과세이연금액에 제휴법인의 주주가 보유주식을 벤처기업과 주식교환등을 하고 취득한 주식중 양도하는 주식이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

⑧제휴법인의 주주가 법 제46조의2제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받은 후 같은 항 제3호를 위반하는 사유(제휴법인의 주주 또는 벤처기업이 주식교환등으로 취득한 주식을 취득 후 1년 내에 양도)가 발생한 때에는 주식과세이연금액에 주식교환등으로 취득한 주식 중에서 해당 사유가 발생한 날 현재 남아 있는 주식이 차지하는 비율을 곱한 금액에 해당 주식교환등을 한 당시의 「소득세법」 제104조제1항에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액을 해당 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다. <개정 2005.2.19, 2022.2.15, 2024.12.31>

⑨법 제46조의2제3항에 따라 양도소득세의 과세이연 신청을 하려는 자는 주식교환일 또는 현물출자일이 속하는 달의 분기의 말일로부터 2월 이내에 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 벤처기업주식교환등주식양도차익과세이연신청서에 전략적 제휴계획, 주식교환계약서 및 재정경제부령이 정하는 서류로서 세제지원대상임이 확인 가능한 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2022.2.15, 2024.12.31, 2025.12.30>