조세특례제한법
제46조
제45조의2(공공기관의 구조개편을 위한 분할에 대한 과세특례) 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따라 공공기관으로 지정된 내국법인(이하 "공공기관"이라 한다)이 민영화 등의 구조개편을 위하여 2010년 12월 31일까지 「상법」 제530조의2부터 제530조의11까지의 규정에 따라 대통령령으로 정하는 분할을 하는 경우로서 그 분할이 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우에는 「법인세법」 제46조제1항 각 호의 요건을 갖춘 분할로 보아 이 법과 「법인세법」 및 「부가가치세법」의 분할에 관한 규정을 적용한다.
제46조(기업 간 주식등의 교환에 대한 과세특례)
① 내국법인(이하 이 조에서 "교환대상법인"이라 한다)의 지배주주ㆍ출자자 및 그 특수관계인(이하 이 조에서 "지배주주등"이라 한다)이 2017년 12월 31일 이전에 대통령령으로 정하는 재무구조개선계획(대통령령으로 정하는 자가 승인한 것에 한정한다. 이하 이 조에서 "재무구조개선계획"이라 한다)에 따라 그 소유 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다) 전부를 양도하고 교환대상법인의 대통령령으로 정하는 특수관계인이 아닌 다른 내국법인(이하 이 조에서 "교환양수법인"이라 한다)의 주식등을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 그 소유비율에 따라 양수하는 경우에는 주식등을 양도함에 따라 발생한 양도차익(교환양수법인 및 교환양수법인의 지배주주등에 발생하는 양도차익을 포함한다)에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양수한 주식등을 처분(상속ㆍ증여를 포함한다)할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31, 2014.12.23, 2015.12.15, 2020.12.29, 2021.12.28, 2024.12.31>
1. 교환양수법인이 이미 보유하거나 새롭게 발행한 주식등을 양수하는 방법
2. 교환양수법인의 지배주주등이 보유한 주식등의 전부를 양수하는 방법[교환대상법인 및 교환양수법인이 서로 다른 기업집단(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제2조제11호에 따른 기업집단을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에 소속되어 있는 경우로 한정한다]
② 제1항제2호에 따른 교환대상법인의 양도ㆍ양수에 있어서 나타난 해당 법인의 자산부족액을 익금에 산입하여 이를 「법인세법」 제67조에 따라 처분하는 경우 해당 법인은 「소득세법」에도 불구하고 그 처분금액에 대한 소득세를 원천징수하지 아니한다.
③ 제1항제2호에 따라 주식등을 양도한 교환대상법인의 주주등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 해당 사유가 발생한 과세연도에 납부하지 아니한 세액을 납부하거나 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한 금액을 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 양도소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 해당 세액은 「법인세법」 제64조 또는 「소득세법」 제76조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. <개정 2014.12.23, 2021.12.28, 2024.12.31>
1. 주식등을 양도한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 교환대상법인이 속하였던 기업집단에 교환대상법인과 동일한 업종을 경영하는 법인이 속하게 되는 경우
2. 주식등을 양도한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 지배주주등이 교환대상법인의 주식등을 다시 보유하게 되는 경우
④ 내국법인이 「법인세법」 제47조에 따른 물적분할 또는 같은 법 제47조의2에 따른 현물출자로 취득한 주식등의 전부를 제1항에 따라 다른 법인의 주식등과 교환하는 경우에 현물출자 또는 물적분할 당시 자산의 양도차익에 상당하는 금액으로서 손금에 산입하여 과세를 이연받은 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다.
⑤ 제1항제2호에 따라 주식등을 양도한 교환대상법인의 재무구조개선계획을 승인한 자는 재무구조개선계획의 내용 및 그 이행실적을 매년 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 지배주주등의 범위, 주식등의 양도ㆍ양수의 방법, 손금산입대상 양도차익의 계산, 재무구조개선계획의 내용 및 승인기준, 주식등의 양도ㆍ양수에 관한 명세서 제출, 채무의 범위, 세액감면의 신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제46조의2(벤처기업의 전략적 제휴를 위한 주식교환 등에 대한 과세특례)
① 주식회사인 법인(이하 이 조에서 "제휴법인"이라 한다)의 주주(그 법인의 발행주식총수의 100분의 10 이상을 보유한 주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 소유하는 제휴법인 주식을 다음 각 호의 요건을 갖추어 2009년 12월 31일 이전에 벤처기업(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 보유한 자기주식과 교환하거나 벤처기업에 현물출자하고 그 벤처기업으로부터 출자가액에 상당하는 주식을 새로 받음으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 주식교환 또는 현물출자(이하 이 조에서 "주식교환등"이라 한다)로 인하여 취득한 벤처기업의 주식을 처분할 때까지 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다. <개정 2011.12.31, 2021.12.28, 2024.12.31>
1. 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업과 제휴법인 간의 전략적 제휴계획을 추진하고 그 계획에 따라 주식교환등이 이루어질 것
2. 제휴법인의 주주 1명과 대통령령으로 정하는 특수관계인이 벤처기업의 대통령령으로 정하는 최대주주와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있지 아니할 것
3. 제휴법인의 주주가 주식교환등으로 인하여 취득한 주식과 벤처기업이 주식교환등으로 보유한 주식을 각각 1년 이상 보유하도록 하는 계약을 제휴법인과 벤처기업 간에 체결할 것
② 제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받은 제휴법인의 주주는 제1항제3호를 위반하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 이연받은 양도소득세를 납부하여야 한다. <개정 2021.12.28, 2024.12.31>
③ 제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다. <개정 2021.12.28, 2024.12.31>
제46조의3(물류기업의 전략적 제휴를 위한 주식교환 등에 대한 과세특례)
① 물류산업을 경영하는 중소기업인 법인(이하 이 조에서 "제휴물류법인"이라 한다)의 주주(그 법인의 발행주식총수의 100분의 10 이상을 보유한 주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 소유하는 제휴물류법인의 주식을 다음 각 호의 요건을 갖추어 2009년 12월 31일 이전에 물류산업을 경영하는 다른 중소기업인 법인(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인은 제외하며, 이하 이 조에서 "제휴상대물류법인"이라 한다)이 보유한 자기주식과 교환하거나 제휴상대물류법인에 현물출자하고 그 법인으로부터 출자가액에 상당하는 주식을 새로 받음으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 주식교환 또는 현물출자(이하 이 조에서 "주식교환등"이라 한다)로 인하여 취득한 제휴상대물류법인의 주식을 처분할 때까지 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다. <개정 2011.12.31, 2021.12.28, 2024.12.31>
1. 대통령령으로 정하는 바에 따라 제휴물류법인과 제휴상대물류법인 간 전략적 제휴계획을 추진하고 그 계획에 따라 주식교환등이 이루어질 것
2. 제휴물류법인의 주주 또는 그 주주의 특수관계인이 제휴상대물류법인의 최대주주와 특수관계에 있지 아니할 것
3. 제휴물류법인의 주주가 주식교환등으로 취득한 주식과 제휴상대물류법인이 주식교환등으로 보유한 주식을 각각 1년 이상 보유하도록 하는 계약을 제휴물류법인과 제휴상대물류법인 간에 체결할 것
② 제1항을 적용하는 경우 물류산업의 범위, 최대주주의 범위 및 특수관계의 범위에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항에 따른 물류기업의 전략적 제휴를 위한 주식교환등에 대한 과세특례에 관하여는 제46조의2제2항 및 제3항을 준용한다. 이 경우 "제휴법인"은 "제휴물류법인"으로 본다.
제46조의4(자가물류시설의 양도차익에 대한 법인세 과세특례)
① 1년 이상 계속하여 사업을 한 중소기업에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 자가물류시설(이하 이 조에서 "자가물류시설"이라 한다)을 2013년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다. <개정 2011.12.31>
② 제1항을 적용받은 내국법인이 자가물류시설의 양도일 이후 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우 또는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하지 못한 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 익금에 산입할 금액에 대해서는 제33조제3항 후단을 준용한다. <개정 2011.12.31, 2018.12.24>
1. 자가물류시설을 양도한 후 대통령령으로 정하는 기간 동안 각 사업연도에 지출한 물류비용 중 「법인세법」 제2조제12호에 따른 특수관계인 외의 자에게 지출한 물류비용(이하 이 조 및 제104조의14에서 "제3자물류비용"이라 한다)이 100분의 70 이상일 것
2. 대통령령으로 정하는 기간 동안 각 사업연도의 제3자물류비용이 자가물류시설의 양도차익에 가목 및 나목의 비율을 곱하여 계산한 금액 이상일 것
가. 「법인세법」 제55조에 따른 세율
나. 금융기관의 이자율을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율
③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 물류비용의 범위, 양도차익명세서의 제출, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제46조의5(물류사업 분할에 대한 과세특례) 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2009년 12월 31일 이전에 물류사업부문을 분할한 후 대통령령으로 정하는 물류전문법인(이하 이 조에서 "물류전문법인"이라 한다)과 합병하는 경우로서 분할로 신설되는 법인 또는 분할합병의 상대방 법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인의 자산을 평가하여 승계한 경우 그 승계한 자산(대통령령으로 정하는 자산만 해당한다)의 가액 중 해당 자산에 대한 분할평가차익에 상당하는 금액은 「법인세법」 제46조제1항 각 호 외의 본문에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 다만, 분할법인과 분할로 신설되는 법인 또는 분할합병의 상대방 법인이 「법인세법」 제2조제12호에 따른 특수관계인에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2011.12.31, 2018.12.24>
1. 분할등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 한 내국법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것
2. 「법인세법」 제46조제1항제2호 및 제3호에 해당할 것
제46조의6(물류법인의 합병 시 이월결손금의 승계에 대한 과세특례) 물류산업을 경영하는 법인(이하 이 조에서 "물류법인"이라 한다)이 2009년 12월 31일까지 다른 물류법인을 합병하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 합병등기일 현재 합병으로 인하여 소멸하는 법인(이하 "피합병법인"이라 한다)의 「법인세법」 제13조제1항제1호에 따른 결손금은 대통령령으로 정하는 금액의 범위에서 같은 법 제45조에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제할 수 있다. <개정 2018.12.24>
1. 「법인세법」 제44조제1항 각 호의 요건을 모두 갖출 것
2. 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계할 것
3. 피합병법인의 주주ㆍ사원 또는 출자자가 합병법인으로부터 받은 주식 또는 출자지분이 합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 3 이상일 것
4. 「법인세법」 제45조제1항제3호에 해당할 것
제46조의7(전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환등에 대한 과세특례)
① 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(코넥스상장기업이 아닌 경우만 해당한다)을 제외한 벤처기업(대통령령으로 정하는 매출액 대비 연구ㆍ인력개발비 투자 비중이 5퍼센트 이상인 중소기업 및 대통령령으로 정하는 기술우수 중소기업을 포함하며, 이하 이 조에서 "벤처기업등"이라 한다)의 주주(그 법인의 발행주식 총수의 100분의 10이상을 보유한 주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 소유하는 벤처기업등의 주식을 다음 각 호의 요건을 갖추어 2027년 12월 31일 이전에 주식회사인 법인(이하 이 조에서 "제휴법인"이라 한다)이 보유한 자기주식 또는 제휴법인의 주주(발행주식 총수의 100분의 10 이상을 보유한 주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 주식과 교환하거나 제휴법인에 현물출자하고 그 제휴법인으로부터 출자가액에 상당하는 주식을 새로 받음으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 주식교환 또는 현물출자(이하 이 조에서 "주식교환등"이라 한다)로 인하여 취득한 제휴법인의 주식을 처분할 때까지 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다. <개정 2015.12.15, 2018.12.24, 2019.12.31, 2021.12.28, 2024.12.31>
1. 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업등과 제휴법인 간의 전략적 제휴계획을 추진하고 그 계획에 따라 주식교환등이 이루어질 것
2. 벤처기업등의 주주 1인과 대통령령으로 정하는 특수관계인이 제휴법인의 대통령령으로 정하는 최대주주와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있지 않을 것
3. 벤처기업등의 주주가 주식교환등으로 인하여 취득한 주식과 제휴법인 또는 제휴법인의 주주가 주식교환등으로 취득한 주식을 각각 1년 이상 보유하도록 하는 계약을 벤처기업등과 제휴법인 간에 체결할 것
② 제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받은 벤처기업등의 주주는 제1항제3호의 계약을 위반하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 이연받은 양도소득세를 납부하여야 한다. <개정 2021.12.28, 2024.12.31>
③ 제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다. <개정 2021.12.28, 2024.12.31>
제46조의8(주식매각 후 벤처기업등 재투자에 대한 과세특례)
① 벤처기업 또는 벤처기업이었던 기업이 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 이후 7년 이내 기업(이하 이 조에서 "매각대상기업"이라 한다)의 주주로서 대통령령으로 정하는 주주가 2026년 12월 31일 이전에 그가 보유한 매각대상기업의 주식 중 대통령령으로 정하는 일정비율 이상을 대통령령으로 정하는 특수관계인 외의 자에게 양도하고 그 양도대금 중 100분의 50 이상을 다음 각 호의 요건을 갖추어 출자 또는 투자(이하 "재투자"라 한다)를 한 경우에는 그 재투자에 사용된 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 재투자로 취득한 주식 또는 출자지분을 처분(재투자 대상기업이 사업을 폐지한 경우 등을 포함한다)할 때까지 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다. 다만, 타인의 출자지분이나 투자지분 또는 수익증권을 양수하는 방법으로 재투자하는 경우 또는 재투자로 취득한 주식 또는 출자지분을 처분한 후 다시 재투자 하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2015.1.28, 2015.12.15, 2016.12.20, 2018.12.24, 2019.12.31, 2020.2.11, 2021.12.28, 2022.12.31, 2023.12.31, 2024.12.31>
1. 제1항에 따라 주식을 양도한 날부터 대통령령으로 정하는 기간 내에 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 재투자를 할 것
가. 벤처투자조합, 신기술사업투자조합 또는 전문투자조합에 출자하는 경우
나. 대통령령으로 정하는 벤처기업투자신탁(이하 이 조에서 "벤처기업투자신탁"이라 한다)의 수익증권에 투자하는 경우
다. 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제12조에 따른 조합에 출자한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업 또는 이에 준하는 창업후 3년이내 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업(이하 이 조에서 "벤처기업등"이라 한다)에 투자하는 경우
라. 벤처기업등에 투자하는 경우
2. 매각대상기업의 주주 1인과 대통령령으로 정하는 특수관계인이 제1호 다목 및 라목의 벤처기업등의 대통령령으로 정하는 최대주주와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있지 아니할 것
3. 재투자로 취득한 주식 또는 출자지분을 3년 이상 보유할 것
② 제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받으려는 자는 예정신고 기간 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다. <개정 2021.12.28, 2024.12.31>
③ 제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받은 자는 제1항제1호 또는 제3호를 위반하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 이연받은 양도소득세를 납부하여야 하며, 제1항제1호를 위반하는 경우 예정신고 기간 내에 신고는 했으나 양도소득세는 납부하지 아니한 것으로 간주하여 납부할 세액을 계산하되 대통령령으로 정하는 사유로 재투자를 하지 아니한 경우는 제외한다. <개정 2021.12.28, 2024.12.31>